Linuxコマンドメモ mv

前回、catでカレントディレクトリ内のすべての.fastaの拡張子のファイルを統合するときに*.fastaと打ちました。

これがmvコマンドでも使えたというメモです。

今回はダウンロードというディレクトリ内にある.fastaのファイルを画像一枚目のディレクトリに移動させるときの手順を説明します。

ディレクトリの確認: ls

まずはディレクトリの確認です。

ls

で確認です。

ダウンロードディレクトリへの移動: cd

ダウンロードという名前のディレクトリに行きたいので、

cd ダウンロード

で移動します。

ls

でディレクトリ内の確認です。.fasta形式のファイルがあるのがわかります。

FASTAファイルの統合: cat

ここで、.fastaという拡張子が付いているファイルをp9という名前の１つのファイルに統合したいので、

cat *.fasta p9

としました。名前は何でもいいです。ｐ９はPractical study 9の略です。

（ここでちょっと間違ったなあと思うのが、名前をp9.fastaにするべきでした。.fastaで保存したかったので。後で拡張子付けました。）

ちゃんと作られているかの確認で

ls

ｐ９というファイルが作られていますね。

ファイルの移動 :mv

この作ったｐ９というファイルをこのダウンロードというディレクトリの前にあるディレクトリに移動させたいので、

mv p9 ..

と入力しました。mvコマンドはディレクトリ間の移動やファイルの移動とかに使うコマンドです。

..は前のディレクトリを指定します。（カレントディレクトリの移動の時とかはよくcd ..とかで使います。）

ダウンロードディレクトリ内にｐ９がないことを確認します。

ls

ないですね。成功です。

最終確認

バイオインフォマティクスと創薬

バイオインフォマティクスの授業で創薬についてのイントロがあって、ちょっと面白かったので講義メモです。

なお、ここに書くことは私が理解していることを私の(不自由な)言葉で書くので間違い、誤解などが生じる可能性があることをここに書いておきます。ご了承ください。

バイオインフォマティクスとは

バイオインフォマティクスとは生物学と情報科学のミックスみたいなイメージだと思ってもらえればいいのかなと思
います。

もう少し詳しく書くとするなら

コンピュータ、アルゴリズム、データベースなどをツールとして使って、生物の持つ情報を扱う学問。
という感じですかなあ。

情報としてのDNA、タンパク質

生物はDNAに書かれている情報を元に作られています。

DNAには4種類の文字が存在してそれぞれアデニン(A)、チミン(T)、シトシン(C)、グアニン(G)といいます。

これらの文字を塩基と呼びます。

塩基は4種類あってこの4種類の塩基の組み合わせで私たち生物は作られているわけです。

そして、この4種類の塩基が3つ並ぶと１つのアミノ酸を指定します。

生物に使われているアミノ酸は20種類あります。

つまり、生物は4種類の塩基を3つずつ組み合わせることで20種類のアミノ酸の組み合わせを作ることができます。

このアミノ酸を組み合わせることでタンパク質が作られます。

つまり、これまでの流れを整理すると

DNA→アミノ酸→タンパク質

と生物は生物内の情報を変換していっているわけですね。

バイオインフォマティクスはこのように生物の情報、DNAの情報やアミノ酸の情報、タンパク質の情報を扱う科学ということもできるかもしれません。

Drugとは

生体内の分子(タンパク質とか)を活性化または抑制する小さな分子のことです。

ドラッグは生体内でどう作用するか

生物の勉強を高校でした人は覚えているかもしれませんが、酵素と基質の関係を思い浮かべてください。

酵素と基質の関係は、鍵と鍵穴の関係によく例えられます。正しい形のものが正しいところに収まってこそ作用するということです。

つまり薬を作るときにも、その目標となる分子、例えばタンパク質と結合、作用できるような形の分子を作る必要があります。

しかし、基本的に鍵穴は動かないのに対して、生物の体内の酵素は動き回っているのでより複雑です。

Drugができるまで

簡単にDrugができるまでの過程を箇条書きしてみます。

病気を特定

その病気の原因となるタンパク質を発見

そのタンパク質の研究（3Dモデルの作成とか）

病気の原因となるタンパク質に有効なDrugを探すか作る

Drug発見

動物実験（マウスとかで）

新薬の申請

人で治験

オッケー

世に出る

バイオインフォマティクスの貢献

バイオインフォマティクスは創薬のスピードを上げました。大昔と比べての話ですが。 大昔は、薬になるものの発見は偶然による所が大きかったのです。

アスピリンの発見の話とかは有名ですね。

バイオインフォマティクスによってタンパク質の構造決定、有効な物質の予想などができるようになったため、偶然を待つ必要がなくなったのです。

まあすごく大変みたいですけどね。

最後に

私は、バイオインフォマティクス、薬学部、医学部の人でもないのは強調しておきます。

間違いがあればご指摘お願いします。

Bioinfomaticsの関連記事

Bioinformatics FASTAファイルの結合

こんにちは。

複数のFASTA形式のファイルを1つのファイルに統合しなさいというバイオインフォマティクスの授業の課題が出たのでそのまとめを書いておきます。

最終的な目的は、指定された複数のシーケンスをデータベースから取ってきてMSA（Multipul Sequence Alignment）することです。

ここではLinuxのターミナル使って複数のFASTA形式のファイルを１つのファイルに統合することを説明します。

MSAまでの流れ

データベース（NCBI）にアクセス

与えられたaccesion numberを入力

FASTA形式のシーケンスデータを取得

１つのファイルに複数のシーケンスデータを格納

MSA

準備したもの

FASTA形式のシーケンスデータ（他にも使える形式はあるみたい）

Linux

手順

Linuxのターミナル起動

FASTAファイルが格納されているディレクトリに移動（ｃｄ）

カレントフォルダ（FASTA）にて画像のコマンドを入力

このようにコマンドを打つと以下のようにシーケンスデータが統合されます。画像内だと４つしか見えませんが、実際には６つのファイルを統合しました。

コマンドメモ

cat

catは指定したファイルの統合をします。例えば、cat ファイル名1 ファイル名２で ファイル名1 ファイル名２という２つのファイルを統合。統合したいファイルを並べればいいんですね。

*.fasta

catで統合したいファイル名。この場合はカレントフォルダ内にある.fastaの拡張子が付いているファイルすべてを指定という意味。*は拡張子名で指定できるので多くのファイルを扱うときに便利そうですね。

*はワイルドカードというみたいです。「*なんとか.ホニャララ」でホニャララという拡張子を指定できます。

>Bioinfo7

>ファイル名で統合したファイルを指定したファイル名で保存します。この場合は統合したファイルはBioinfo7という名前ですね。

最後に

ド素人の自分が後に見た時にわかるように丁寧に書いたつもりですがどうでしょう。

ところでLinux入れてなかったら、どうやって解析してたんですかね。

では。

Bioinformaticsの関連記事