アキタの雑記

生物学専攻の大学5年生の雑記ブログ。 読んだ本、コンピューター系のメモ、愛猫の写真、勉強のこととか。

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無料文献管理ソフトMendeleyとLatexの連携で引用文献リストの自動化

無料文献管理ソフトMendeleyとLatexの連携で引用文献リストの自動化

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卒業研究で様々な論文を引用すると思います。その文献情報をいちいちタイプしていくのはめんどくさくてやりたくない。

なんとか楽したい。というのは人間の心情だと思います。

Mendeleyという文献管理ソフトを使うとそのめんどくさい作業を楽できるよ!

ってなことを書いていきます。

Mendeleyは無料の文献管理ソフト

Mendeleyは無料の文献管理ソフトで、ここからダウンロードできます。

OSはWindows, macOS, Linux, iOS, Androidで対応しています。

ウェブからもできるので、オンラインで文献をダウンロードしてMendeleyに落として、他の端末からもアクセスできるので便利ですね。

pdfをいれると勝手に文献のタイトルから著者名やら雑誌名やらを表示してくれるので便利です。

これから書くように、引用文献情報を生成できるのもいいところかなと思います。

Mendeleyに入っている文献から引用文献ファイル(.bib)の自動生成を行う

MendeleyのPreferences→BibTeX→BibTeX SynchingのEnable bibTeX syncingにチェックを入れて好きなオプションを選びます。

僕は真ん中のcollectionごとにbibファイルを作りました。

これで各フォルダごとに入っている論文の文献情報が入ったbibファイルができました。

これを保存するディレクトリをPathで選びましょう。

以降、文献をぶち込んでいくごとに自動でその新しい文献情報がbibファイルに書き込まれます。

作成したbibファイルが入っているディレクトリをtexliveに参照させる

この作業にはターミナル操作が必要です。

シンボリックリンクをつけて参照させます。

sudo ln -s bibfileを作ったファイルのあるディレクトリのパス /usr/local/ /bib

bibfileをつくったファイルのあるディレクトリのパスというのは、 Mendeleyでbibファイルの自動生成をうやってもらった時にそのファイルを置いておいた場所のことですね。

latexの参照ディレクトリはusrのしたにあると思うので、ターミナルで

cd /usr

と打って、localとか探すとでると思います。

無事にシンボリックリンクをつけられたら、

sudo mktexlsr

とターミナルを叩いてやるとOKです。

このコマンドは、 ”LaTeX がファイルを読み込むときは TeX のディレクトリの中から目当てのファイルを探しますが,ファイルを探すのはそれなりの時間がかかります。 そこで考え出されたのが「あらかじめファイルの一覧表を作っておき,ファイルを探すときにはそれを参照する」という仕組みで,この一覧表 (ls-R) を作るコマンドが mktexlsr です。(Latex入門/各種パッケージの利用)”  ということのようです。

参照: LaTeX入門/各種パッケージの利用

このブログを参考にしました

Latexでciteして引用させる

あと少しで終わりです。

Latexで引用したい時は、texファイル内の引用したいところで

¥cite{Citation key}

ですね。

Citation keyはMendeleyで参照したい論文のところに書いてあります。

この状態でタイプセットすると、参照したところが?になっているはずです。

これを解決するために、はターミナルを開いて、

pbibtex 参照を反映させたいtexファイル名

を行うと、bblファイルとblgファイルが作られます。

その後、Latexを起動し、タイプセットをもう一度行うとまだ、?になっていると思います。

さらにタイプセットをすると参照が反映されて出力されると思います。

タイプセット - pbibtex - タイプセット2回

というながれになると思います。

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COVID-19のおかげでGWが終わっても自宅警備を続けることになっているので、当然ながら実験はできずに結果が増えないので、こんなことしてます。ある程度卒論のフォーマットみたいなものの方向性を定めておこうかなということで書いてみました。

便利なところ:各セクションごとに文章をかける

卒論はある程度大きいサイズのファイルができることが予想されます。

そのため、例えば、一つのWordファイルにイントロからリザルトやらディスカッションなどを書いていくと、無駄に長いスクロールと、何書いてんだかわからなくなることが予想されます。

少なくとも僕はそうなりそう。

書いたものの見直しとかも大変になりそうです。

そのため、それらを分けて、書いておくと便利かと思います。latex で。

なおかつ、各章ごとにタイプセットして確認できると嬉しい。

そして、それらをまとめてタイプセットできると嬉しい。

ということで、なんかいい方法はないかと探していたら見つけたので、それを自分ようにアレンジして記録しておきます。

全体の構成

texファイルを複数に分けます。

これまでだと

#プリアンブルとか設定 ¥begin{}   #本文、各セクションとか ¥end{}

みたいに、1つのtexファイルにプリアンブルから、本文の各セクションとかを書いました。

これを、begin.tex , main.tex , end.tex それぞれのセクション名.tex のように、分けて書いて、main.texを最終的な原稿としてタイプセットする感じです。 それぞれのセクションごとに書いたtexファイルもそれぞれでタイプセットして確認できると嬉しいので、begin.tex , end.texが効いてくるという設定ですね。いやあこれは賢いっす。

begin.tex

このファイルには、プリアンブルとタイトル、author、¥beginだけを書きます。

¥usepackage[a4paper]{geometry} % See geometry.pdf to learn the layout options. There are lots. %¥geometry{landscape} % Activate for for rotated page geometry %¥usepackage[parfill]{parskip} % Activate to begin paragraphs with an empty line rather than an indent ¥usepackage{graphicx} %画像を挿入したり,テキストや図の拡大縮小・回転を行うためのパッケージ. ¥usepackage{amssymb} %that provides miscellaneous enhancements for improving the information structure and printed output of documents that contain mathematical formulas. ¥usepackage{epstopdf} %pstopdf is a Perl script that converts an EPS file to an ‘encapsulated’ PDF file ¥usepackage[version=3]{mhchem} %化学式や反応式をかくためのパッケージ. %¥usepackege{float} %図の配置に関わるパッケージ ¥usepackage[T1]{fontenc} %T1エンコーディングを使用 ¥usepackage{textcomp} %TCフォント使用のためのマクロ ¥usepackage[utf8]{inputenc} %ファイルがUTF-8の場合 ¥renewcommand{¥rmdefault}{qtm} %Timesを本文の欧文フォントに %¥usepackage{lmodern} %Latin Modernフォントを使用 ¥DeclareGraphicsRule{.tif}{png}{.png}{`convert #1 `dirname #1`/`basename #1 .tif`.png} ¥graphicspath{ {../lab_pic/} } #画像のパス ¥title{} #タイトル名 ¥author{} #自分の名前 ¥begin{document}

という感じです。ここにひたすらプリアンブルを必要に応じて足していくかんじです。

main.tex

ここが最終的なタイプセットでpdfでるところです。ここでは¥input{}を使うことで、他のtexファイルを読み込んでいく感じです。

¥documentclass[a4paper, 10pt,oneside,openany]{jsbook} ¥input{begin} %begin.texを出力 ¥maketitle %タイトルを出力 ¥tableofcontents %目時を出力 ¥input{end} %end.texを読み込む

documentclassは卒論だとjsbookとかなんですかね。短いレポートだったら、jsarticleとかでよかったと思います。 この辺の設定はググれば出るので割愛します。

イントロ、リザルト、マテメソとかは本文のところに、¥chapterとか書いておけばいいでしょう。

end.tex

このファイルには、リファレンスのところと¥end{document}だけ書いておきます。

¥bibliographystyle{} ¥bibliography{} ¥end{document}

Intro.texとかにイントロを書いてみたり

これは、例ですが、上記のような名前のファイルを作って本文のイントロダクションを書いておくとすると、

¥documentclass[a4paper, 10pt,oneside,openany]{jsbook} ¥input{begin} 本文を書く ¥input{end}

こんな感じに書いておくといいのかなと思います。 ここで、¥documentclassはmain.texに書いたものと同じものにしておけばいいと思います。

beginとendをinputで読み込むことで、このファイルだけでもタイプセットして確認できるという感じです。

うまくできてるかチェック

こんな感じで書いていって、各章のtexファイルそれぞれでタイプセットできて、main.texでタイプセットしてうまくいったらOKですね。

図のフォーマットはpdf

図はできればpdfにして別のディレクトリにまとめておくといいかと思います。 gnuplotでグラフを作ると、pdfで保存できて便利です。

比較的きれいにできる気がするし。

終わりに

Mendeleyから参考文献情報を引っ張ってくる話を次書く予定です。 基本的に下のサイトを参考にしているので、気になる人はチェックしてください。

卒論・修論をLaTeXで書くためのチェック項目16

TeX で PDF 形式の図を利用する

こちらはpdf形式の図をLatexで使う時のBounding Boxファイルのことについて勉強になりました。

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%のフォントとかイタリックのフォントがデフォルトだと微妙だったので変えてみた

¥usepackage[T1]{fontenc} %T1エンコーディングを使用 ¥usepackage{textcomp} %TCフォント使用のためのマクロ ¥usepackage[utf8]{inputenc} %ファイルがUTF-8の場合 ¥renewcommand{¥rmdefault}{qtm} %Timesを本文の欧文フォントに

これで多少ましになった気がする

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Latexエラー:“Extra }, or forgotten \endgroup”

Latexエラー:“Extra }, or forgotten \endgroup”

タイプセットした時に“Extra }, or forgotten \endgroup” というエラーが出てなんとか解決できたのでメモとして残しておきます。

エラーで問題となっていたコード

¥begin{figure}[htbp] ¥centering ¥includegraphics[width=¥columnwidth, bb=0 0 640 480]{} ¥caption{ } } ¥label{Fig:} ¥end{figure}

end{figure}のところがエラーがマークされていました。もう見れば明らかだと思うんですが、caption何に}が一つ余分に入ってます。これをのぞいてやると無事にタイプセットできたというわけです。

コピペ注意

このfigureのコードそもそも他で作ってうまくタイプセットできたものをコピペして参照する画像、キャプション、ラベルとかをいじって終わりだと思っていたのですが、}が余分に入っていたので、エラーが出たというわけでした。

コピペしたときは注意が必要ですね。

Latexのコマンド備忘録

Primary Database

Latexコマンドメモ。上付き文字 下付き文字、℃、化学式、学名のイタリック体、μ。などをよく使うので自分の備忘録を兼ねて書いていきます。
Latex勉強したい人は以下のLatex美文書作成入門とかが有名で使えるかなと思います。ちなみに私も持っています。

上付き文字、下付き文字

角度の°とかセルシウスの表記

math環境で$^\circ$ は°を出力。^は上付き文字の記号を出力。
よって、

20$^\circ$C

で20℃と表記できます。

化学式で下付き文字を使う場合。

CaCl$_2$

とか書く。
下付き文字を$$で囲むことを忘れると、エラーメッセージ Missing $ insertedが出ます。

複数の文字数字を上付き下付き文字にしたいとき

複数の文字数字を上付き下付き文字にしたいときは

$^{}$
$_{}$

中カッコ{}で囲むと-1とかも上付きにできます。

生物の学名を書くとき

生物の学名はイタリック体にするので

\it 学名

と書くといいんじゃないでしょうか。そのあとにイタリックからローマン体に直すときは

\rm

と書くと以降はローマン体になります。

μの表記

μmを表記するときは

$\mu$m

と書くといいでしょう。

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