アキタの雑記

生物学専攻の大学5年生の雑記ブログ。 読んだ本、コンピューター系のメモ、愛猫の写真、勉強のこととか。

カテゴリ: computer

awk 1を使って複数のcsvファイルを1つのcsvファイルにまとめる

awk 1を使って複数のcsvファイルを1つのcsvファイルにまとめる

Rでプロットするためには以下みたいにデータをまとめないといけない。 catだと以下のように、1つ目と2つ目のファイルをまとめる時に被ってしまう。 以下はターミナルに打ち込んだときの結果。

cat *.csv Genotype,Time,Curvature A,0h,0 A,12h,10 A,24h,20 A,36h,30 A,48h,40 B,0h,0 B,12h,5 B,24h,10 B,36h,15 B,48h,20 C,0h,0 C,12h,3 C,24h,12 C,36h,19 C,48h,24 D,0h,0 D,12h,19 D,24h,24 D,36h,34 D,48h,40A,0h,0 #ここで被ってる A,12h,10 A,24h,20 A,36h,30 A,48h,40 B,0h,0 B,12h,5 B,24h,10 B,36h,15 B,48h,20 C,0h,0 C,12h,3 C,24h,12 C,36h,19 C,48h,24 D,0h,0 D,12h,19 D,24h,24 D,36h,34 D,48h,40%

これを回避するためにはawk 1を使う。

awk 1 *.csv Genotype,Time,Curvature A,0h,0 A,12h,10 A,24h,20 A,36h,30 A,48h,40 B,0h,0 B,12h,5 B,24h,10 B,36h,15 B,48h,20 C,0h,0 C,12h,3 C,24h,12 C,36h,19 C,48h,24 D,0h,0 D,12h,19 D,24h,24 D,36h,34 D,48h,40 A,0h,0 A,12h,10 A,24h,20 A,36h,30 A,48h,40 B,0h,0 B,12h,5 B,24h,10 B,36h,15 B,48h,20 C,0h,0 C,12h,3 C,24h,12 C,36h,19 C,48h,24 D,0h,0 D,12h,19 D,24h,24 D,36h,34 D,48h,40

ggplot2を使ったboxplotと散布図を重ねたグラフを作る

read.csv("0414270504.csv")->yama #csvファイルを読み込み、yamaという名前で格納。 library(tidyverse) library(reshape2) g <- ggplot(yama, aes(x = Time,#x軸をTimeに y = Curvature, #y軸をCurvatureに color = Genotype))#Genotypeごとに色分けする g <- g + geom_boxplot(position = position_dodge(width = 0.9))#箱ひげ図でGenotypeを時間ごとに並べる g <- g + theme_classic()#背景をclassicに g <- g + theme(legend.position = c(0.15,0.8),#legendの位置指定 legend.title = element_blank()) #legendタイトルをなしに g <- g + scale_y_continuous(breaks = seq(-40,60,20))#y軸の値を(最小値,最大値,間隔)で指定 g <- g + stat_summary(position = position_dodge(width = 0.9), fun = "mean",#平均値を載せる geom = "point",#funで指定された値をpointでプロット shape = 22,#形を22(四角) size = 2.,#プロットのサイズ fill = "white")#プロットの色 g <- g + geom_point(position = position_dodge(width = 0.9),#散布図を箱ヒゲ図に重ねる alpha=0.3,#透明度 size=1)#幅 g
こんな感じで出来上がり
bitmap

gnuplotのグラフ線の色の設定

gnuplotのグラフ線の色の設定

gnuplotでグラフの線の色を変えたい時のコマンドと、選べる色をどうやって知るのかを書いていきます。

グラフの線の色を設定するコマンド

#各グラフの色の設定 set style line 1 linecolor rgbcolor "#FF0000" # red set style line 2 linecolor rgbcolor "#FF0000" # red set style line 3 linecolor rgbcolor "#0000FF" # blue set style line 4 linecolor rgbcolor "#0000FF" # blue set style line 5 linecolor rgbcolor "#000000" # black set style line 6 linecolor rgbcolor "#000000" # black

show colorsで使える色を確認する

gnuplotで使える色を知るためには、gnuplotを起動したうえで以下のコマンドを打ちます。

show colors

gitでpushする

gitでpushする

すでにgitを使ってgithubのリポジトリに管理したいファイルが共有リポジトリに入っている状態で、変更してはcommitしpushする時のメモ。

git add 変更したファイル git commit -m "コメント" 変更したファイル git push origin HEAD

これで、変更したファイルをgithubにpushできました。この際に、どのブランチに変更されたかは

git status

で確認。

originについて

originはリモートリポジトリのアクセス先にgitがデフォルトでつける名前らしいです。

ブランチを切る

ブランチを切り替えたい時は以下のコマンド。

git checkout master

これでブランチをmasterブランチに切り替えました。

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卒業研究で様々な論文を引用すると思います。その文献情報をいちいちタイプしていくのはめんどくさくてやりたくない。

なんとか楽したい。というのは人間の心情だと思います。

Mendeleyという文献管理ソフトを使うとそのめんどくさい作業を楽できるよ!

ってなことを書いていきます。

Mendeleyは無料の文献管理ソフト

Mendeleyは無料の文献管理ソフトで、ここからダウンロードできます。

OSはWindows, macOS, Linux, iOS, Androidで対応しています。

ウェブからもできるので、オンラインで文献をダウンロードしてMendeleyに落として、他の端末からもアクセスできるので便利ですね。

pdfをいれると勝手に文献のタイトルから著者名やら雑誌名やらを表示してくれるので便利です。

これから書くように、引用文献情報を生成できるのもいいところかなと思います。

Mendeleyに入っている文献から引用文献ファイル(.bib)の自動生成を行う

MendeleyのPreferences→BibTeX→BibTeX SynchingのEnable bibTeX syncingにチェックを入れて好きなオプションを選びます。

僕は真ん中のcollectionごとにbibファイルを作りました。

これで各フォルダごとに入っている論文の文献情報が入ったbibファイルができました。

これを保存するディレクトリをPathで選びましょう。

以降、文献をぶち込んでいくごとに自動でその新しい文献情報がbibファイルに書き込まれます。

作成したbibファイルが入っているディレクトリをtexliveに参照させる

この作業にはターミナル操作が必要です。

シンボリックリンクをつけて参照させます。

sudo ln -s bibfileを作ったファイルのあるディレクトリのパス /usr/local/ /bib

bibfileをつくったファイルのあるディレクトリのパスというのは、 Mendeleyでbibファイルの自動生成をうやってもらった時にそのファイルを置いておいた場所のことですね。

latexの参照ディレクトリはusrのしたにあると思うので、ターミナルで

cd /usr

と打って、localとか探すとでると思います。

無事にシンボリックリンクをつけられたら、

sudo mktexlsr

とターミナルを叩いてやるとOKです。

このコマンドは、 ”LaTeX がファイルを読み込むときは TeX のディレクトリの中から目当てのファイルを探しますが,ファイルを探すのはそれなりの時間がかかります。 そこで考え出されたのが「あらかじめファイルの一覧表を作っておき,ファイルを探すときにはそれを参照する」という仕組みで,この一覧表 (ls-R) を作るコマンドが mktexlsr です。(Latex入門/各種パッケージの利用)”  ということのようです。

参照: LaTeX入門/各種パッケージの利用

このブログを参考にしました

Latexでciteして引用させる

あと少しで終わりです。

Latexで引用したい時は、texファイル内の引用したいところで

¥cite{Citation key}

ですね。

Citation keyはMendeleyで参照したい論文のところに書いてあります。

この状態でタイプセットすると、参照したところが?になっているはずです。

これを解決するために、はターミナルを開いて、

pbibtex 参照を反映させたいtexファイル名

を行うと、bblファイルとblgファイルが作られます。

その後、Latexを起動し、タイプセットをもう一度行うとまだ、?になっていると思います。

さらにタイプセットをすると参照が反映されて出力されると思います。

タイプセット - pbibtex - タイプセット2回

というながれになると思います。

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