カテゴリ： computer

2023年06月27日

ggplot2で折れ線グラフを書く時にグレースケールを使いたい

濃度を振って薬剤処理をした実験のデータをグラフにした時にグレースケールを使って、薬剤なし（mock）を白に、一番濃い濃度のものを黒にしたい。

そんなときは、離散値なら
scale_fill_grey()
scale_color_grey()
を使う。
デフォルトだと始めと終わりの値を決められない。

それは、
fill <- scale_fill_grey(start = 1, end = 0)
color <- scale_color_grey(start = 1, end = 0)

とすると、最初の値が白で、終わりが黒になり間はいい感じにグレースケールにしてくれる。

2021年08月12日

Rのggplot2で棒グラフを作る時はx軸のデータをcharacterにしとく

ggplot2で棒グラフを作る時はx軸のデータをcharacterにしとく

上記の通り、データの型変換についてのメモです。棒グラフを作る時は、データの型がintegerとかだと、棒の位置がいい感じにならないので、データの型をcharacterにします。

データの型がintegerの場合と、charcterに直した時の場合のプロットを載せます。 ## 使うデータ今回使うデータです。

普通にcsvファイルを読み込むと、Timeのところのデータ型がintegerになっていると思います。これをcharacterに変えます。

read.csv("sample.csv")->yama #csvファイルを読み込み、yamaという名前で格納。
library(tidyverse)

## ─ Attaching packages ──────────────────── tidyverse 1.3.0 ─

## ✓ ggplot2 3.3.3     ✓ purrr   0.3.4
## ✓ tibble  3.1.0     ✓ dplyr   1.0.5
## ✓ tidyr   1.1.3     ✓ stringr 1.4.0
## ✓ readr   1.4.0     ✓ forcats 0.5.1

## ─ Conflicts ───────────────────── tidyverse_conflicts() ─
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::lag()    masks stats::lag()

library(reshape2)

## 
## Attaching package: 'reshape2'

## The following object is masked from 'package:tidyr':
## 
##     smiths

yama

##    Genotype Time Curvature
## 1        WT    0         0
## 2        WT    0         0
## 3        WT    0         0
## 4        WT    0         0
## 5        WT    0         0
## 6        WT    2        20
## 7        WT    2        21
## 8        WT    2        22
## 9        WT    2        25
## 10       WT    2        18
## 11       WT    4        40
## 12       WT    4        42
## 13       WT    4        41
## 14       WT    4        47
## 15       WT    4        49
## 16       WT    8        80
## 17       WT    8        75
## 18       WT    8        90
## 19       WT    8        88
## 20       WT    8        82
## 21   mutant    0         0
## 22   mutant    0         0
## 23   mutant    0         0
## 24   mutant    0         0
## 25   mutant    0         0
## 26   mutant    2        10
## 27   mutant    2         5
## 28   mutant    2         4
## 29   mutant    2        19
## 30   mutant    2        12
## 31   mutant    4        16
## 32   mutant    4        20
## 33   mutant    4        23
## 34   mutant    4        25
## 35   mutant    4        20
## 36   mutant    8        29
## 37   mutant    8        20
## 38   mutant    8        22
## 39   mutant    8        21
## 40   mutant    8        15

sapply(yama, class)# yamaの中に含まれるデータの型を確認する

##    Genotype        Time   Curvature 
## "character"   "integer"   "integer"

#yamaのデータからGenotypeとTimeが同じデータにまとめる
#そのデータの中でCurvatureの平均と標準偏差、標準誤差を出す
group_time_mean_sd <-yama %>% 
  group_by(Genotype, Time) %>% 
  summarize(mean = mean(Curvature), sd = sd(Curvature), se = sd/sqrt(5)) 

## `summarise()` has grouped output by 'Genotype'. You can override using the `.groups` argument.

group_time_mean_sd

## # A tibble: 8 x 5
## # Groups:   Genotype [2]
##   Genotype  Time  mean    sd    se
##   <chr>    <int> <dbl> <dbl> <dbl>
## 1 mutant       0   0    0     0   
## 2 mutant       2  10    6.04  2.70
## 3 mutant       4  20.8  3.42  1.53
## 4 mutant       8  21.4  5.03  2.25
## 5 WT           0   0    0     0   
## 6 WT           2  21.2  2.59  1.16
## 7 WT           4  43.8  3.96  1.77
## 8 WT           8  83    6.08  2.72

x軸のデータがintegerだと

最初に失敗例です。

x軸のデータがintegerだと以下のような残念なプロットになります。

read.csv("sample.csv")->yama #csvファイルを読み込み、yamaという名前で格納。
library(tidyverse)
library(reshape2)

#yamaのデータからGenotypeとTimeが同じデータにまとめる
#そのデータの中でCurvatureの平均と標準偏差、標準誤差を出す
group_time_mean_sd <-yama %>% 
  group_by(Genotype, Time) %>% 
  summarize(mean = mean(Curvature), sd = sd(Curvature), se = sd/sqrt(5)) 

## `summarise()` has grouped output by 'Genotype'. You can override using the `.groups` argument.

#group_time_mean_sdのデータセットに含まれるラベルGenotypeの表示順を指定順に並べ直す
group_time_mean_sd$Genotype <- factor(group_time_mean_sd$Genotype, 
                                  levels=c("WT", "mutant"))


#棒グラフを出力する
g <- ggplot(group_time_mean_sd, aes(x = Time,
                                    y = mean,
                                    fill = Genotype,
                                    group = Genotype) 
)
g <- g + geom_bar(stat = "identity", 
                  position = position_dodge(width = 0.9)
                  )

#SEをエラーバーのつける
errors <- aes(ymax = mean + se, ymin = mean - se)
g <- g + geom_errorbar(errors, width = 0.1, position = position_dodge(width = 0.9))

#背景をclassicに
g <- g + theme_classic()
g <- g + theme(legend.position = c(0.2,0.8),#legendの位置指定
               legend.title = element_blank(),#legendタイトルをなしに
               axis.title.x = element_text(size = 20, family = "Arial"),  
               axis.title.y = element_text(size = 20, family = "Arial"), 
               axis.text.x = element_text(size = 20, colour = 1, family = "Arial"), 
               axis.text.y = element_text(size = 20, colour = 1, family = "Arial"),
               legend.text = element_text(size = 10, color = "black", 
               face = c("italic")
               )
)
g <- g + labs(y = "Curvature(degrees)", x = "Time(h)")
g <- g + scale_fill_grey()#グレースケールで出力

g

x軸のデータをcharacterにすると

x軸のデータをcharacterにするために、read.csv(“sample.csv”,colClasses=c(“character”, “character”, “integer”))と打ちます。

読み込むcsvファイルのデータ中には、Genotype, Time, Curvatureという順でデータが並んでいるので、それぞれを“character”, “character”, "integerと設定します。

きちんと変換できているのかは、sapply(yama, class)で確認します。

read.csv("sample.csv",colClasses=c("character", "character", "integer"))->yama
sapply(yama, class)# yamaの中に含まれるデータの型を確認する

##    Genotype        Time   Curvature 
## "character" "character"   "integer"

その結果が、以下のプロットです。 read.csv(“sample.csv”,colClasses=c(“character”, “character”, “integer”))->yama とした以外は、最初のプロットのコードと違いはありません。

2021年08月11日

ggplot2で出力されるグラフの凡例の順序をマニュアルで変える

目的：グラフの凡例の順序をマニュアルでいじる

Rの凡例の順序はデフォルトだとアルファベット順になっています。この記事では、この凡例の順序をマニュアルでいじるやり方をメモしていきます。

libraryの読み込み

library(tidyverse)

## ─ Attaching packages ──────────────────── tidyverse 1.3.0 ─

## ✓ ggplot2 3.3.3     ✓ purrr   0.3.4
## ✓ tibble  3.1.0     ✓ dplyr   1.0.5
## ✓ tidyr   1.1.3     ✓ stringr 1.4.0
## ✓ readr   1.4.0     ✓ forcats 0.5.1

## ─ Conflicts ───────────────────── tidyverse_conflicts() ─
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::lag()    masks stats::lag()

library(reshape2)

## 
## Attaching package: 'reshape2'

## The following object is masked from 'package:tidyr':
## 
##     smiths

今回用いるデータ

今回は以下に示してあるsample.csvというcsvファイルに入っているデータを使います。このcsvファイルはエクセル上で適当に数字を打って作りました。

read.csv("sample.csv")->yama #csvファイルを読み込み、yamaという名前で格納。
yama

##    Genotype Time Curvature
## 1        WT    0         0
## 2        WT    0         0
## 3        WT    0         0
## 4        WT    0         0
## 5        WT    0         0
## 6        WT    2        20
## 7        WT    2        21
## 8        WT    2        22
## 9        WT    2        25
## 10       WT    2        18
## 11       WT    4        40
## 12       WT    4        42
## 13       WT    4        41
## 14       WT    4        47
## 15       WT    4        49
## 16       WT    8        80
## 17       WT    8        75
## 18       WT    8        90
## 19       WT    8        88
## 20       WT    8        82
## 21   mutant    0         0
## 22   mutant    0         0
## 23   mutant    0         0
## 24   mutant    0         0
## 25   mutant    0         0
## 26   mutant    2        10
## 27   mutant    2         5
## 28   mutant    2         4
## 29   mutant    2        19
## 30   mutant    2        12
## 31   mutant    4        16
## 32   mutant    4        20
## 33   mutant    4        23
## 34   mutant    4        25
## 35   mutant    4        20
## 36   mutant    8        29
## 37   mutant    8        20
## 38   mutant    8        22
## 39   mutant    8        21
## 40   mutant    8        15

データの加工

上記のデータから、WTとmutantのデータの平均値とsd, seを時間ごとに求めます。そのデータをgroup_time_mean_sdに格納します。

group_time_mean_sd <-yama %>% 
  group_by(Genotype, Time) %>% 
  summarize(mean = mean(Curvature), sd = sd(Curvature), se = sd/sqrt(5))

## `summarise()` has grouped output by 'Genotype'. You can override using the `.groups` argument.

group_time_mean_sd

## # A tibble: 8 x 5
## # Groups:   Genotype [2]
##   Genotype  Time  mean    sd    se
##   <chr>    <int> <dbl> <dbl> <dbl>
## 1 mutant       0   0    0     0   
## 2 mutant       2  10    6.04  2.70
## 3 mutant       4  20.8  3.42  1.53
## 4 mutant       8  21.4  5.03  2.25
## 5 WT           0   0    0     0   
## 6 WT           2  21.2  2.59  1.16
## 7 WT           4  43.8  3.96  1.77
## 8 WT           8  83    6.08  2.72

デフォルトでの折れ線グラフの出力

group_time_mean_sdから、WTとmutantのCurvatureの経時変化を折れ線グラフにプロットします。デフォルトのプロットだとこんな感じで、mutant, WTの順に凡例が出力されます。

g <- ggplot(group_time_mean_sd, aes(x = Time,#x軸をTimeに
                      y = mean,
                      shape = Genotype,
                      group = Genotype,
                      linetype = Genotype,
                      color = Genotype) #y軸をCurvatureに
                      )
g <- g + scale_x_continuous(breaks = seq(0,8,2))#y軸の値を(最小値,最大値,間隔)で指定
g <- g + geom_line()
g <- g + geom_point(size = 4)
errors <- aes(ymax = mean + se, ymin = mean - se)
g <- g + geom_errorbar(errors, width = 0.1)
g <- g + theme_classic()#背景をclassicに
g <- g + theme(legend.position = c(0.2,0.8),#legendの位置指定
               legend.title = element_blank(),#legendタイトルをなしに
               axis.title.x = element_text(size = 18, family = "Arial"),  
               axis.title.y = element_text(size = 18, family = "Arial"), 
               axis.text.x = element_text(size = 15, colour = 1, family = "Arial"), 
               axis.text.y = element_text(size = 15, colour = 1, family = "Arial"),
               )

g <- g + xlab("Time (h)")
g

凡例の順番をいじった折れ線グラフの出力

以下のコードが凡例の順番をいじるのに効いてます。

group_time_mean_sd$Genotype <- factor(group_time_mean_sd$Genotype, 
                                      levels=c("WT", "mutant"))

それを含めてプロットすると凡例がWT, mutantの順になります。

group_time_mean_sd$Genotype <- factor(group_time_mean_sd$Genotype, 
                                      levels=c("WT", "mutant"))
g <- ggplot(group_time_mean_sd, aes(x = Time,#x軸をTimeに
                      y = mean,
                      shape = Genotype,
                      group = Genotype,
                      linetype = Genotype,
                      color = Genotype) #y軸をCurvatureに
                      )
g <- g + scale_x_continuous(breaks = seq(0,8,2))#y軸の値を(最小値,最大値,間隔)で指定
g <- g + geom_line()
g <- g + geom_point(size = 4)
errors <- aes(ymax = mean + se, ymin = mean - se)
g <- g + geom_errorbar(errors, width = 0.1)
g <- g + theme_classic()#背景をclassicに
g <- g + theme(legend.position = c(0.2,0.8),#legendの位置指定
               legend.title = element_blank(),#legendタイトルをなしに
               axis.title.x = element_text(size = 18, family = "Arial"),  
               axis.title.y = element_text(size = 18, family = "Arial"), 
               axis.text.x = element_text(size = 15, colour = 1, family = "Arial"), 
               axis.text.y = element_text(size = 15, colour = 1, family = "Arial"),
               )
g <- g + xlab("Time (h)")
g

2021年05月30日

awk 1を使って複数のcsvファイルを1つのcsvファイルにまとめる

Rでプロットするためには以下みたいにデータをまとめないといけない。 catだと以下のように、1つ目と2つ目のファイルをまとめる時に被ってしまう。以下はターミナルに打ち込んだときの結果。

cat *.csv  
Genotype,Time,Curvature
A,0h,0
A,12h,10
A,24h,20
A,36h,30
A,48h,40
B,0h,0
B,12h,5
B,24h,10
B,36h,15
B,48h,20
C,0h,0
C,12h,3
C,24h,12
C,36h,19
C,48h,24
D,0h,0
D,12h,19
D,24h,24
D,36h,34
D,48h,40A,0h,0　＃ここで被ってる
A,12h,10
A,24h,20
A,36h,30
A,48h,40
B,0h,0
B,12h,5
B,24h,10
B,36h,15
B,48h,20
C,0h,0
C,12h,3
C,24h,12
C,36h,19
C,48h,24
D,0h,0
D,12h,19
D,24h,24
D,36h,34
D,48h,40%

これを回避するためにはawk 1を使う。

awk 1 *.csv
Genotype,Time,Curvature
A,0h,0
A,12h,10
A,24h,20
A,36h,30
A,48h,40
B,0h,0
B,12h,5
B,24h,10
B,36h,15
B,48h,20
C,0h,0
C,12h,3
C,24h,12
C,36h,19
C,48h,24
D,0h,0
D,12h,19
D,24h,24
D,36h,34
D,48h,40
A,0h,0
A,12h,10
A,24h,20
A,36h,30
A,48h,40
B,0h,0
B,12h,5
B,24h,10
B,36h,15
B,48h,20
C,0h,0
C,12h,3
C,24h,12
C,36h,19
C,48h,24
D,0h,0
D,12h,19
D,24h,24
D,36h,34
D,48h,40

2021年05月30日

R:ggplot2を使ったboxplotと散布図を重ねたグラフを作る

ggplot2を使ったboxplotと散布図を重ねたグラフを作る

read.csv("0414270504.csv")->yama #csvファイルを読み込み、yamaという名前で格納。
library(tidyverse)
library(reshape2)

g <- ggplot(yama, aes(x = Time,#x軸をTimeに
                      y = Curvature, #y軸をCurvatureに
                      color = Genotype))#Genotypeごとに色分けする
g <- g + geom_boxplot(position = position_dodge(width = 0.9))#箱ひげ図でGenotypeを時間ごとに並べる

g <- g + theme_classic()#背景をclassicに

g <- g + theme(legend.position = c(0.15,0.8),#legendの位置指定
               legend.title = element_blank()) #legendタイトルをなしに
g <- g + scale_y_continuous(breaks = seq(-40,60,20))#y軸の値を(最小値,最大値,間隔)で指定

g <- g + stat_summary(position = position_dodge(width = 0.9),
                      fun = "mean",#平均値を載せる
                      geom = "point",#funで指定された値をpointでプロット
                      shape = 22,#形を22(四角)
                      size = 2.,#プロットのサイズ
                      fill = "white")#プロットの色
g <- g + geom_point(position = position_dodge(width = 0.9),#散布図を箱ヒゲ図に重ねる
                    alpha=0.3,#透明度
                    size=1)#幅
g

こんな感じで出来上がり

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