【Linux エラー】ロック /var/lib/dpkg/lck-frontendが取得できませんでした

Linuxでアプリをインストールしようといつもどおりsudo apt-get install hogehogeとしていたらエラーメッセージが出てインストールできませんでした。

こういう時はとりあえずエラーメッセージをコピペしてググると解決作が出るものですね。

ts0818さんのブログ『ロック /var/lib/apt/lists/lock が取得できませんでした～』を参考にしました。


詳しいことはわからないのですが、lock fileというのを取り除けばいいっぽい。 ということでターミナルを開いて、hogehogeが取得できませんでしたのところをrmでリムーブしてやればいいみたいです。 実際にその後はインストールできました。

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Latexエラー:“Extra }, or forgotten \endgroup”

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Linuxコマンドメモ mv

前回、catでカレントディレクトリ内のすべての.fastaの拡張子のファイルを統合するときに*.fastaと打ちました。

これがmvコマンドでも使えたというメモです。

今回はダウンロードというディレクトリ内にある.fastaのファイルを画像一枚目のディレクトリに移動させるときの手順を説明します。

ディレクトリの確認: ls

まずはディレクトリの確認です。

ls

で確認です。

ダウンロードディレクトリへの移動: cd

ダウンロードという名前のディレクトリに行きたいので、

cd ダウンロード

で移動します。

ls

でディレクトリ内の確認です。.fasta形式のファイルがあるのがわかります。

FASTAファイルの統合: cat

ここで、.fastaという拡張子が付いているファイルをp9という名前の１つのファイルに統合したいので、

cat *.fasta p9

としました。名前は何でもいいです。ｐ９はPractical study 9の略です。

（ここでちょっと間違ったなあと思うのが、名前をp9.fastaにするべきでした。.fastaで保存したかったので。後で拡張子付けました。）

ちゃんと作られているかの確認で

ls

ｐ９というファイルが作られていますね。

ファイルの移動 :mv

この作ったｐ９というファイルをこのダウンロードというディレクトリの前にあるディレクトリに移動させたいので、

mv p9 ..

と入力しました。mvコマンドはディレクトリ間の移動やファイルの移動とかに使うコマンドです。

..は前のディレクトリを指定します。（カレントディレクトリの移動の時とかはよくcd ..とかで使います。）

ダウンロードディレクトリ内にｐ９がないことを確認します。

ls

ないですね。成功です。

最終確認

Bioinformatics FASTAファイルの結合

こんにちは。

複数のFASTA形式のファイルを1つのファイルに統合しなさいというバイオインフォマティクスの授業の課題が出たのでそのまとめを書いておきます。

最終的な目的は、指定された複数のシーケンスをデータベースから取ってきてMSA（Multipul Sequence Alignment）することです。

ここではLinuxのターミナル使って複数のFASTA形式のファイルを１つのファイルに統合することを説明します。

MSAまでの流れ

データベース（NCBI）にアクセス

与えられたaccesion numberを入力

FASTA形式のシーケンスデータを取得

１つのファイルに複数のシーケンスデータを格納

MSA

準備したもの

FASTA形式のシーケンスデータ（他にも使える形式はあるみたい）

Linux

手順

Linuxのターミナル起動

FASTAファイルが格納されているディレクトリに移動（ｃｄ）

カレントフォルダ（FASTA）にて画像のコマンドを入力

このようにコマンドを打つと以下のようにシーケンスデータが統合されます。画像内だと４つしか見えませんが、実際には６つのファイルを統合しました。

コマンドメモ

cat

catは指定したファイルの統合をします。例えば、cat ファイル名1 ファイル名２で ファイル名1 ファイル名２という２つのファイルを統合。統合したいファイルを並べればいいんですね。

*.fasta

catで統合したいファイル名。この場合はカレントフォルダ内にある.fastaの拡張子が付いているファイルすべてを指定という意味。*は拡張子名で指定できるので多くのファイルを扱うときに便利そうですね。

*はワイルドカードというみたいです。「*なんとか.ホニャララ」でホニャララという拡張子を指定できます。

>Bioinfo7

>ファイル名で統合したファイルを指定したファイル名で保存します。この場合は統合したファイルはBioinfo7という名前ですね。

最後に

ド素人の自分が後に見た時にわかるように丁寧に書いたつもりですがどうでしょう。

ところでLinux入れてなかったら、どうやって解析してたんですかね。

では。

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