アキタの雑記

生物学専攻の大学5年生の雑記ブログ。 読んだ本、コンピューター系のメモ、愛猫の写真、勉強のこととか。

カテゴリ:computer > Linux

ファイルで働くコマンド

最近はedXという無料のオンラインコースでLinuxの勉強をしています。当然のことながらたくさんコマンドが出てきて覚えては忘れるというのを繰り返しているので、自分で備忘録がてら書いていこうというやつです。今回はWorking with filesというチャプターで出てきたコマンドをまとめています。

cat

catはファイルを見るときに使う。ただしあんまり長いのは無理。スクロールバックもできない。

tac

tacはファイルの最後のラインから見ることができる。

less

lessは大きいサイズのファイルを見るときに使う。スクロールバックできる。

tail

tailはデフォルトでは最後から10行分見れる。この行数は変えることができる。例えば、15行みたいときは -n 15と後ろに付けてやればいい。

head

headはtailの逆で最初の10行分が見れる。

touch

touchは空のファイルを作る時に使う。touch で好きな名前を付けて作れる。-tオプションを付けると日付と時間を付けることができる。touch -t 201905011015 somefileだ> とsomefileって名前のファイルに2019年5月1日の10時15分の日付と時間が付けられる。これが便利なオプションらしいが正直その便利さはよくわかってない。 mkdir mkdirはディレクトリを作る時に使う。

rmdir

rmdirはディレクトリを消すときに使う。ただしそのディレクトリは空でなければならない。空じゃないとエラーになる。

rm -rf

rm -rfはディレクトリとそのなかに入っているものを一緒に消す。

mv

mvはファイルの名前を変える時に使う。

rm

rmはファイルの削除に使う。-fオプションは強制的にリムーブするときにつかう。-iオプションはリムーブする前にするかどうか聞いてくるインタラクティブのオプション。

【Linux エラー】ロック /var/lib/dpkg/lck-frontendが取得できませんでした

2019-03-07 15.24.40 からのスクリーンショット

Linuxでアプリをインストールしようといつもどおりsudo apt-get install hogehogeとしていたらエラーメッセージが出てインストールできませんでした。

こういう時はとりあえずエラーメッセージをコピペしてググると解決作が出るものですね。

ts0818さんのブログ『ロック /var/lib/apt/lists/lock が取得できませんでした~』を参考にしました。

rm

詳しいことはわからないのですが、lock fileというのを取り除けばいいっぽい。 ということでターミナルを開いて、hogehogeが取得できませんでしたのところをrmでリムーブしてやればいいみたいです。 実際にその後はインストールできました。


関連記事

Latex関連

卒論をLatexで書くためのフォルダ作り

Latexプリアンブル設定:%、イタリックのフォントが微妙だったので変えてみた。

Latexコマンドメモ。上付き文字 下付き文字、℃、化学式、学名のイタリック体、μ。

無料文献管理ソフトMendeleyとLatexの連携で引用文献リストの自動化

Linux エラー】ロック /var/lib/dpkg/lck-frontendが取得できませんでした

Latexエラー:“Extra }, or forgotten \endgroup”

git関連

gitによる卒論のバージョン管理

git管理下に置かれたファイルをpushする

gnuplot

gnuplotのグラフ調整

Linuxコマンドメモ mv

mv

前回、catでカレントディレクトリ内のすべての.fastaの拡張子のファイルを統合するときに*.fastaと打ちました。

これがmvコマンドでも使えたというメモです。

今回はダウンロードというディレクトリ内にある.fastaのファイルを画像一枚目のディレクトリに移動させるときの手順を説明します。


ディレクトリの確認: ls

まずはディレクトリの確認です。

ls

で確認です。
2018-12-15 07.08.31 からのスクリーンショット

ダウンロードディレクトリへの移動: cd

ダウンロードという名前のディレクトリに行きたいので、

cd ダウンロード

で移動します。

ls

でディレクトリ内の確認です。.fasta形式のファイルがあるのがわかります。
download

FASTAファイルの統合: cat

ここで、.fastaという拡張子が付いているファイルをp9という名前の1つのファイルに統合したいので、

cat *.fasta p9

としました。名前は何でもいいです。p9はPractical study 9の略です。

(ここでちょっと間違ったなあと思うのが、名前をp9.fastaにするべきでした。.fastaで保存したかったので。後で拡張子付けました。)

ちゃんと作られているかの確認で

ls

p9というファイルが作られていますね。
cat

ファイルの移動 :mv

この作ったp9というファイルをこのダウンロードというディレクトリの前にあるディレクトリに移動させたいので、

mv p9 ..

と入力しました。mvコマンドはディレクトリ間の移動やファイルの移動とかに使うコマンドです。

..は前のディレクトリを指定します。(カレントディレクトリの移動の時とかはよくcd ..とかで使います。)

ダウンロードディレクトリ内にp9がないことを確認します。

ls

ないですね。成功です。
mvp9

最終確認

前のディレクトリにp9が移動したかを確認します。

まずは移動

cd ..

からの確認

ls

p9というファイルがありますね。オッケーです。
cd..


Bioinformatics FASTAファイルの結合

mv (1)

こんにちは。

複数のFASTA形式のファイルを1つのファイルに統合しなさいというバイオインフォマティクスの授業の課題が出たのでそのまとめを書いておきます。

最終的な目的は、指定された複数のシーケンスをデータベースから取ってきてMSA(Multipul Sequence Alignment)することです。

ここではLinuxのターミナル使って複数のFASTA形式のファイルを1つのファイルに統合することを説明します。

MSAまでの流れ


  • データベース(NCBI)にアクセス

  • 与えられたaccesion numberを入力

  • FASTA形式のシーケンスデータを取得

  • 1つのファイルに複数のシーケンスデータを格納

  • MSA


  • 準備したもの


  • FASTA形式のシーケンスデータ(他にも使える形式はあるみたい)

  • Linux


  • 手順


  • Linuxのターミナル起動

  • FASTAファイルが格納されているディレクトリに移動(cd)

  • カレントフォルダ(FASTA)にて画像のコマンドを入力

  • fastaconbime

    このようにコマンドを打つと以下のようにシーケンスデータが統合されます。画像内だと4つしか見えませんが、実際には6つのファイルを統合しました。
    2018-12-14 20.01.31 からのスクリーンショット

    コマンドメモ


    cat


    catは指定したファイルの統合をします。例えば、cat ファイル名1 ファイル名2で ファイル名1 ファイル名2という2つのファイルを統合。統合したいファイルを並べればいいんですね。

    *.fasta


    catで統合したいファイル名。この場合はカレントフォルダ内にある.fastaの拡張子が付いているファイルすべてを指定という意味。*は拡張子名で指定できるので多くのファイルを扱うときに便利そうですね。

    *はワイルドカードというみたいです。「*なんとか.ホニャララ」でホニャララという拡張子を指定できます。

    >Bioinfo7


    >ファイル名で統合したファイルを指定したファイル名で保存します。この場合は統合したファイルはBioinfo7という名前ですね。

    最後に


    ド素人の自分が後に見た時にわかるように丁寧に書いたつもりですがどうでしょう。

    ところでLinux入れてなかったら、どうやって解析してたんですかね。

    では。

    Bioinformaticsの関連記事

    Applmagei形式のファイルの実行方法。


    今回ダウンロードしたのは、pdfビューワソフトのyomuです。

    GitHubから、yomuをダウンロードしてから以下のコマンドをターミナルで実行します。

    「chmod +x appimageファイルの名前」

    これでAppImageファイルに実行権限を与えられます。このファイル内にすべてパッケージとして入っているため、上記のコマンドを入力してファイルをダブルクリックでインストールできました。

    それまでは、「sudo apt-get install パッケージ名」でインストールしていて、このコマンドでは開けなかったので調べた次第でした。

    参考にしたサイト

    Kritaでぐるぐるお絵かきブログ


    ↑このページのトップヘ