アキタの雑記

博士後期課程の雑記ブログ。 読んだ本、コンピューター系のメモ、愛猫の写真、勉強のこととか。

2021年05月

awk 1を使って複数のcsvファイルを1つのcsvファイルにまとめる

awk 1を使って複数のcsvファイルを1つのcsvファイルにまとめる

Rでプロットするためには以下みたいにデータをまとめないといけない。 catだと以下のように、1つ目と2つ目のファイルをまとめる時に被ってしまう。 以下はターミナルに打ち込んだときの結果。

cat *.csv Genotype,Time,Curvature A,0h,0 A,12h,10 A,24h,20 A,36h,30 A,48h,40 B,0h,0 B,12h,5 B,24h,10 B,36h,15 B,48h,20 C,0h,0 C,12h,3 C,24h,12 C,36h,19 C,48h,24 D,0h,0 D,12h,19 D,24h,24 D,36h,34 D,48h,40A,0h,0 #ここで被ってる A,12h,10 A,24h,20 A,36h,30 A,48h,40 B,0h,0 B,12h,5 B,24h,10 B,36h,15 B,48h,20 C,0h,0 C,12h,3 C,24h,12 C,36h,19 C,48h,24 D,0h,0 D,12h,19 D,24h,24 D,36h,34 D,48h,40%

これを回避するためにはawk 1を使う。

awk 1 *.csv Genotype,Time,Curvature A,0h,0 A,12h,10 A,24h,20 A,36h,30 A,48h,40 B,0h,0 B,12h,5 B,24h,10 B,36h,15 B,48h,20 C,0h,0 C,12h,3 C,24h,12 C,36h,19 C,48h,24 D,0h,0 D,12h,19 D,24h,24 D,36h,34 D,48h,40 A,0h,0 A,12h,10 A,24h,20 A,36h,30 A,48h,40 B,0h,0 B,12h,5 B,24h,10 B,36h,15 B,48h,20 C,0h,0 C,12h,3 C,24h,12 C,36h,19 C,48h,24 D,0h,0 D,12h,19 D,24h,24 D,36h,34 D,48h,40

ggplot2を使ったboxplotと散布図を重ねたグラフを作る

read.csv("0414270504.csv")->yama #csvファイルを読み込み、yamaという名前で格納。 library(tidyverse) library(reshape2) g <- ggplot(yama, aes(x = Time,#x軸をTimeに y = Curvature, #y軸をCurvatureに color = Genotype))#Genotypeごとに色分けする g <- g + geom_boxplot(position = position_dodge(width = 0.9))#箱ひげ図でGenotypeを時間ごとに並べる g <- g + theme_classic()#背景をclassicに g <- g + theme(legend.position = c(0.15,0.8),#legendの位置指定 legend.title = element_blank()) #legendタイトルをなしに g <- g + scale_y_continuous(breaks = seq(-40,60,20))#y軸の値を(最小値,最大値,間隔)で指定 g <- g + stat_summary(position = position_dodge(width = 0.9), fun = "mean",#平均値を載せる geom = "point",#funで指定された値をpointでプロット shape = 22,#形を22(四角) size = 2.,#プロットのサイズ fill = "white")#プロットの色 g <- g + geom_point(position = position_dodge(width = 0.9),#散布図を箱ヒゲ図に重ねる alpha=0.3,#透明度 size=1)#幅 g
こんな感じで出来上がり
bitmap

gnuplotのグラフ線の色の設定

gnuplotのグラフ線の色の設定

gnuplotでグラフの線の色を変えたい時のコマンドと、選べる色をどうやって知るのかを書いていきます。

グラフの線の色を設定するコマンド

#各グラフの色の設定 set style line 1 linecolor rgbcolor "#FF0000" # red set style line 2 linecolor rgbcolor "#FF0000" # red set style line 3 linecolor rgbcolor "#0000FF" # blue set style line 4 linecolor rgbcolor "#0000FF" # blue set style line 5 linecolor rgbcolor "#000000" # black set style line 6 linecolor rgbcolor "#000000" # black

show colorsで使える色を確認する

gnuplotで使える色を知るためには、gnuplotを起動したうえで以下のコマンドを打ちます。

show colors

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